En la etapa de Secundaria se programa el uso de los laboratorios de Física, Química y Biología a los largo del curso para llevar a cabo varias experiencias relacionadas con el contenido curricular y extracurricular.
La base del uso del laboratorio incluye dos aprendizajes. Por un lado, se plantean prácticas en las que se parte del “método científico” para realizar un aprendizaje basado en la experiencia que permita al alumno plantear hipótesis, obtener resultados y llegar a conclusiones por sí mismo, enunciando sus propios teoremas que después se comparan y analizan con los propios del currículo. Y por otro lado como complemento y práctica de lo trabajado en clase.
Los alumnos trabajan en grupos de 2 a 4 alumnos conceptos prácticos de la asignatura. Se trabaja el aprendizaje experimental de los contenidos prácticos de las materias científicas (biología y geología y física y química principalmente). En cada práctica los grupos trabajan siguiendo un guión de referencia preparado previamente por el profesor de la asignatura. El guión presenta los puntos siguientes: objetivo, materiales, montaje y procedimiento. Al finalizar cada práctica los alumnos entregan un informe de laboratorio conteniendo los resultados y conclusiones obtenidas.